京都大学化学研究所:Oracle 10gを用いたバイオ情報の統合 -パスウェイデータベースプロジェクト-
日本オラクルが12月17日と18日に開催した「Oracle World Tokyo 2003」で、同センター助教授の五斗進氏が発表。
生命システム情報統合データベース「KEGG」。
Oracle 10gを用いて現在進めている分子間相互作用ネットワークデータベース「PATHWAY」におけるOracle Spatial Network Data Modelの適用。
[Oracle]
オラクル、Postgres使いの私ですが、データベース：オラクル 10gの適用はよしとして、
パスウェイデータベースって何？
生物系での情報データベースとして、塩基配列データベース、タンパク質・アミノ酸配列データベース
遺伝子データベースなどがありますが、パスウェイデータベースは初めて知りました。
酵素や化合物の分子同士のつながり[経路]（パスウェイ）に沿ってデータベース化
するものらしい。また各遺伝子群のパスウェイも同様にパスウェイデータベース上に落とし込む。
さて、最終的にこういうデータベースで何ができるようになるかというと
病気に関連する遺伝子の予想、薬の作用・副作用の予測、新たな化合物の合成経路の予想など。
“パスウェイデータベースプロジェクト” への3件の返信
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今頃コメントですみません(苦笑)．
パスウェイに関わる生体分子のデータを生物種ごとに整理することで，
たとえばヒトにあるのにチンパンジーではまだ見つかっていない酵素が本当に必要なのか予測することができたりします．
つまり代替の経路があれば必要ないかもしれないと考えられると云うことですね．
パスウェイ関連のDBとして，代謝系のデータベースにARM（http://www.metabolome.jp/）があります．
これはパスウェイ中の低分子（糖類など）がどのように推移するかを「source compound」と「target compound」を指定することで某駅すぱあとのように経路検索をして反応経過を教えてくれます．
Javaでインタフェイスが記述されていて，おもろいですよ．
パスウェイデータベース [ARM]
15日にパスウェイデータベースのKEGGについて書いた． パスウェイDBはタンパク質や生体内の低分子を生物の物質変換に従って整理したもの． これをみることで，未発見の物質が存在する可能性などを示唆することができるかもしれない． もちろん確認は実験しないといけない…
LibRaryです。情報ありがとうございます。
＞たとえばヒトにあるのにチンパンジーではまだ見つかっていない酵素が本当に必要なのか予測することができたりします．
なるほど、生物化学の情報技術も知らない間に進んでいるのですね。。